明太祖朱元璋时期，燕王朱棣一直带兵驻守北平，主要是攻击和防守北边的元朝蒙古军，两次北征，曾招降蒙古乃儿不花，并曾生擒北元大将索林帖木儿，加强了他在北方军队中的影响。朱元璋去世后传位给了其孙朱允炆，朱允炆为了削弱各藩王的实力，故而采取了削藩的策略，其主要针对的就是朱允炆的四叔朱棣，朱棣再三考量之后以为国“靖难”为口号，誓师出征。于公元1402年，朱棣打败建文帝朱允炆，在南京称帝，改国号永乐。朱棣之所以迁都北京，主要原因有如下：
一、北京是燕王朱棣的发迹之地。
朱棣的靖难之役表面上义正言辞，实际上称帝后大量屠杀建文帝朱允炆的旧臣和家属，难免引起南京社会的不满，为避免给朱棣造成不必要的危险和心里不安，其离开南京而迁都到北京，起码可以获得心里上的安定。另外，跟随朱棣起事的大将谋臣大多为燕人，功成之后难免会有思乡之情，长期生活在南京不太适应。
二、巩固北部边疆，天子守城门。
虽然元朝已经覆灭，且经过时任燕王朱棣的两次北伐将蒙古军队收拾服帖，但北部故元实力依然成为明朝的主要威胁，他通过迁都北京将明朝的政治、经济、和事中心放在北京可以极大的威慑北方的故元势力，同时还可以将明朝影响力极大的释放到东北及更北区域。
三、加强统治的需要。
初登大位时，天下不稳，建文帝下落不明，所以朱棣十分担心建文帝旧势力东山再起，因而很有必要巩固自己的基础地盘。为此他一方面大规模地向北京移民、屯田，安抚流民复业，另一方面又调集各地精兵至北京，以加强守卫力量。公元1421年（永乐十九年），北平的改建基本完成。以紫禁城为中心，外面环绕着周长18里的皇城，再外是周长45里的京城，宏伟壮丽，超越前代。这年正月，成祖及文武百官迁到北平，诏令改北平为北京。此后，北京就成为明清两朝的京城。
公元1421年（永乐十九年），北平的改建基本完成。以紫禁城为中心，外面环绕着周长18里的皇城，再外是周长45里的京城，宏伟壮丽，超越前代。这年正月，成祖及文武百官迁到北平，诏令改北平为北京。此后，北京就成为明清两朝的京城。
南京，在元代叫集庆路，朱元璋在公元1354年称吴王，1356年攻占该地，改名应天府并定都于此。十二年后，朱元璋在此称帝，国号大明，并于同年北伐，成功驱逐元顺帝，占领元大都，改名北平，寓意平定北方。由此明朝成为全国性政权，开始了276年的统治。
注意此时，南京叫应天府，南京城叫京师，并没有南京这个名字。而是在朱棣迁都北平后，才叫的南京。而此时的北平也不是改名北京，而是叫顺天府，北京城叫京师。
至于朱元璋为什么要建都南京，我想有以下几个原因：
首先，南京自古就是虎踞龙盘的王者之地，在明之前，已经有三国东吴，东晋，南朝宋齐梁陈四国以及五代的南唐在此建都，是一个具有建都历史传统的城市，用古人的话讲就是有“王者之气”。
其次，南京地理位置优越，靠山面水，携长江天堑，进可攻退可守。更是靠近江南富庶之地，便于财富粮食集中，形成优势。
其三，朱元璋起兵于乱世，在当时占领南京也是战术上最好的选择，不仅方便高筑墙广积粮，更是把自己藏身在众多起义军之中不显眼。看看当时的南京，北有红巾军，东有张士诚，西南有陈友谅。表面上是四面树敌，但实际上周边的人都在对付元军，给了朱元璋纵横捭阖，边拉边打，各个击破的机会。
其四，南京在朱元璋建立大明的时候已经经营了十二年，不管是宫殿还是其他官署都已经建设齐备，不必浪费更多资源选择新都。更重要的是朱元璋在南京创了一个记录，他有史以来第一个以南京为都，北伐成功的皇帝。因此南京更是成了不二选择。
其五，朱元璋的功臣主要班底，都是南京附近的人，比如跟随他起兵的功臣集团是安徽凤阳的，文臣里以李善长为代表的淮阴派，以刘基为代表的浙东派都离南京很近。我想这也是他建都南京的一个重要原因。
以上是朱元璋建都南京的主要原因，而朱棣迁都北京，则是有以下几个原因：
第一，北京是朱棣的封地，在封地经营近20年才取得靖难之役的成功，可以说，北京就是朱棣成功的根据地。
第二，南京是朱元璋和朱允炆的根据地，即使朱棣登上了皇位，要想实施自己各种政策，必须摆脱旧有的官僚集团。
第三，当时大明帝国主要的边患来自北面的蒙古，需要时不时的用兵北方，南京做为都城来调配全国的军队与钱粮就显得有些吃力。
第四，朱棣自己造反起家，根本不放心把北京放权给自己兄弟或者其他将领。多次出征都是自己亲自出马，北京也成了最最方便的出兵基地。
这就是朱棣迁都北京的原因。
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