小辛乃祖丁之子、盤庚之弟，即位於殷。小辛政績不佳，帶來了商王朝的第五次衰敗。關於他的卜辭僅有八十餘條，在位三年而崩 ，弟小乙即位於殷。小乙為祖丁之子，小辛之弟。小乙在位時便立丁其子武丁為繼承人。小乙讓武丁插入到民間中勞動，又將他送到賢臣甘盤那裡去學習，小乙如此注重對武丁的教育，為日後武丁復興殷業奠定了基礎。小乙在位十年而陟，其子武丁繼位。因是武丁之父，為直系先王，所以在武丁時期的卜辭中備受尊崇，數量多達五百餘條。
武丁即位於殷。年輕時出入民間，深知民眾的疾苦。目前發現的甲骨文卜辭，是從武丁時期開始大量出現的（二里崗文化時期到武丁之前的甲骨文和金文比較稀少），自此中國的歷史學邁入了信史時代。
祖甲在位三十三年，祖甲建立了完備的週祭制度，以翌、祭、洅、協、肜五種祭祀方式系統性地祭祀全體祖先。祖甲還開創了王位嫡子繼承制，但並未形成長子繼承制，也沒有形成像西周一樣頗為嚴格、覆蓋性的宗法制度，這種改革為商末王子間的爭鬥埋下了隱患。
商代巫師所主持的人祭和人殉是一種愚昧的宗教迷信活動。武乙即位後，認識到這種行為違反人道，同時也為了擺脫巫師對自己權力的制約，便決心進行改革。據《史記》記載，他命工匠雕了一個木偶，狀貌威嚴，冠服齊整，稱作天神。隨後他約「天神」與自己進行下棋，又命令一個臣子代替木偶下棋，臣子怕武乙，步步退讓，以大輸而告終。武乙便痛打木偶。武乙還製作一隻皮袋，盛滿獸血，掛在樹枝上，親自挽弓仰射，射破皮袋，獸血噴出，稱為「射天」。
武乙的這些舉動，否定天神的權威，使巫權大為降落；他順勢倡導仁義、兼愛，商朝的人祭和人殉現象從此大大減少。後來武乙到渭河與洛河之間狩獵，病卒。那些仇恨他的巫師極力散布謠言，聲稱武乙在狩獵過程中受到上天懲罰，被暴雷劈死。
商王文丁殺死周國君主季歷，激化商周之間的矛盾。帝乙和帝辛(商紂王）時期，東夷十分強盛，經常侵擾商王朝邊境。帝辛從小跟著父親帝乙南征北戰，認識到各民族內外的深重矛盾和眾多貴族的腐敗無能，繼位後，他採取一系列措施進行改革。他加強王權，驅逐、囚禁或誅殺一些為非作歹的貴族，大量任用庶人為官。帝辛通過多次苦戰和安撫，終於使東夷臣服，他還派飛廉去出使北方，對淮河流域、長江流域和北方草原地區的經濟文化交流有很大促進；但由於連年發動戰爭，大大耗費社會的人力與資財，促使社會矛盾激化。
與此同時，帝辛的幾個兄弟對自己無法繼承王位感到不滿，那些受罰的貴族也恨透帝辛，紛紛與陰謀篡奪王位的周人勾結起來。周武王聯合羌、髳、盧等部落，共同伐帝辛，一直打到朝歌（今河南鶴壁市淇縣）。由於此刻商軍精銳部隊因討伐東夷皆不在朝歌，又有商朝的叛徒作為內應，周軍輕易擊潰帝辛臨時徵召組成的軍隊。牧野之戰後，帝辛自焚，商朝從此滅亡。周王朝建立。
周武王分封諸侯時，仍然封紂王的兒子武庚於殷，以奉其宗祀。武王死後，武庚叛亂，被周公平叛殺死，另封紂王的庶兄，當年曾降周的微子啟於商丘，國號宋，以奉商朝的宗祀，殷商遺民一分為二，成為後來的衛、宋兩國。宋國在戰國時亡於齊，衛國在秦二世時被秦朝吞併。在遼東，又有商朝宗室箕子開國朝鮮，後亡於燕人衛滿。在《詩經》中辰也是指殷，故辰國可能也是商部落的後人。
刚和秦都咸阳城考古队的一位工作人员聊过一个问题：周与秦的相似性。这其中谈到周灭商与秦统一的东进之路，恰好说到商的灭亡的问题。这位考古工作者的观点是：商的灭亡是因为自己太封建了，什么事都要占卜，和周没有关系，就算没有周，商也会灭在自己手里。
当然我是不认同这种观点的，借此机会正好说说我的浅见：
商的灭亡肯定有自身的原因，这种主观原因是主要因素。但主观原因肯定不是因为什么“封建”、“占卜”。首先，占卜的习俗不只商代有，我曾在博物馆里见过新时器时代的卜甲，后来周代也有占卜的习俗。《诗经》、《左传》里关于“占卜”的记载比比皆是。比如《诗经*大雅*绵》记载先周时期周人的首领古公亶父率领族人到岐山周原建城邑，也是“爰始爰谋，爰契我龟”，意思就是经过商量谋划，再用龟甲来占卜，然后才能确定下来是否选择此地为栖息地。一直到春秋时期，占卜仍然是一种习以为常的习俗。比如《左传》里记载的晋献公立骊姬为夫人，也是经过卜筮决定的。卜，是用龟甲占卜；筮，是用蓍草占卜。所以说从新石器时代一直沿袭到春秋仍然盛行的“占卜”肯定不会是商灭亡的原因，否则岂不是可以归结为，占卜是推动中国历史早期的进程的原因？
至于“封建”，更是和商没有半毛钱关系。封土建邦是周的制度和统治方式。如果说商代就有完整的“封建”制度，说不定还能让商代延年，更不会成为商代灭亡的原因。
商代的灭亡最主要的原因是早期王朝自身的特点所决定的。中央政权与方国并存的统治方式非常不稳定，中央政权对方国并没有绝对的控制权，从思想上说方国并不认为自己一定隶属于中央政权。而且还有一些方国窥伺中原，不断入侵也给商造成了很大的困扰，比如鬼方、羌方等。在商代的甲骨卜辞里记载了太多关于商代四方征战的记录。过于频繁的与方国交战损耗了商王朝太多的精力。
商代的占卜由专门的卜人、贞人、占人共同组成，每一类人员的分工不同。也就是说，提出一个问题，经过占卜得到答案，这个过程由不同的人操作，那么人为的因素就太重要了。商王有时候也担任占人，甚至有时候同时做卜人、贞人、占人。商的贵族也会任职为神职人员，比如用筮占卜的创始人巫咸就曾经是商代太戊时期的国师。
商代是无事不卜，关于政治、军事都要占卜。这种情况下王权和神权就会形成冲突，争夺对王朝的控制权。当这种情况越来越严重的时候，贵族们就可能通过神权和商王争夺权力。而且商代没有很好的继承制度，后世有句话说：立太子是国本。在后期的王朝，当处于不稳定时期，一定要以立太子作为稳定人心的手段。比如清前期，康熙皇帝面对入主中原后的不稳定局面，早早就把嫡长子胤礽立为太子。立太子是表示国祚会延续下去，国本是稳定的。商王朝早期继承方式“兄终弟及”比较多，后期慢慢向“父死子继”转换。混乱的继承制度加剧了内部的权力斗争。于是商王朝在外患重重的情况下还要面对内部的权力斗争，内忧外患想不灭亡也很难。
除了内忧外患，商王朝灭亡的客观原因也很重要，就是遇到周这个强大的对手。从周人的东进之路看，图谋于商应该是很早就有的事。文王时期成为“西伯”，既西方诸侯之长，周已经成为商的大患。周人所选择的岐山周原作为栖息地非常适合周人善于耕种的特性。周人在自身强大的过程中一种东进，到了武王时期作为商王朝的取代者已成定数。而更重要的一点是周人的舆论力量，宣扬周的德行，以及商的无道，形成对比让人觉得周代商是天命，商亡于无道。
商灭亡之后，周取代了商，从周代的重要制度似乎也能看到商灭亡的原因。比如最重要的以嫡长子继承制为核心的宗法制，还有封建诸侯的制度，吸取殷商之灭的经验教训，为周的统治加强力量。
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