简单来说，明朝建国时，南京是朱元璋最好的选择。
在帝制时代，南京成为都城大多是在南北分裂时期，唯一的例外就是明初。这个例外属于直接延续，南京是在割据时期就被确立为都城的，之后朱元璋剿灭群雄、北击元朝才完成统一大业。
分析一下朱元璋的发家史，就能明白他为什么要定都南京。
众所周知朱元璋是农民出身，因为灾荒还当了几年和尚，最后被发小汤和邀请去了红巾军，在郭子兴手下当小兵。
朱元璋因能力出众，取得了郭子兴的信任，娶了郭子兴的养女马氏。尽管郭子兴及其家人对朱元璋有所猜忌，但朱元璋在军队中的威望很高，郭子兴死后，他有了一定的本钱。
朱元璋带着自己的本钱窝在和州，很快就感到了局限，和州太小了，连物资供应都成问题，待在那里不会有大的发展，他需要找一个新的根据地。
和州虽小，离南京（那时候叫集庆路）却很近，南京龙盘虎踞，面前又有一条长江，更关键的是，南京很富啊，地处江南，粮食高产区兼商业中心，还有运河之便，对朱元璋有无穷的吸引力。
相比之下，在朱元璋背后的合肥（那时候叫庐州）不仅距离更远，还比南京差了十八个档次，要地势没地势，要钱没钱，属于无名之辈，朱元璋根本不可能去打合肥。
至正十六年（1356年）三月，朱元璋攻下南京，将其改名为应天府。至此，穷小子朱元璋终于有了自己的大城市，开始真正的事业。
占据南京后，朱元璋东有元军，东南有张士诚，南有元军，北有龙凤政权，西有徐寿辉（陈友谅的“老大”），这些邻居都比朱元璋强，朱元璋顺势装傻，任由他们打来打去，自己躲在南京猥琐发育，建立以南京为中心的根据地。
当然，邻居们也有聪明的，陈友谅和张士诚这两位都看得出朱元璋的威胁，老早就开始跟朱元璋掐架。
三方从开始的小打小闹到最后的拼死决战，朱元璋用了十年的时间，先灭陈友谅，再灭张士诚，接着又灭方国珍，统一了江南。
实力增强带来的好处是独立性日益升高，鄱阳湖大战消灭陈友谅主力后，朱元璋称吴王，但仍奉行龙凤年号。至正二十六年（1366年）大举进攻张士诚时，朱元胜券在握，派人去接小明王韩林儿到应天南京，结果船沉了，皇帝没了，朱元璋于是不再奉行龙凤年号，改次年（1367年）为吴元年。
独立的吴王国已经建立，虽然朱元璋没有确立都城，但毫无疑问，南京就是吴王国的核心。
洪武元年正月，朱元璋称帝，定国号为明，改元洪武，一个志在天下的明王朝正式建立。
天下自然包括北方，南京适不适合作为大一统王朝的首都呢？朱元璋自己也产生了疑问。
吴元年十月，明军挥师北伐，到洪武元年八月，元大都（今北京）拿下，当然，此时元军仍然盘踞在北方众多地区，直接把大都设为都城是不可能的，安全性太低了，朱元璋中意的北宋故都开封。
在洪武元年三月拿下山东、河南后，四月份朱元璋就跑去河南视察了一番，改汴梁路为开封府。
《明史》载：（洪武元年）八月己巳，以应天为南京，开封为北京。
由于元朝残余势力强大，北方仍然处在战争之中，这点从元大都的新名字——北平府可以看出来，朱元璋希望北方和平。在此情况下，朱元璋并没有驻留开封，而是回到了南京。
次年，朱元璋又增设了一个都城，那就是他的老家凤阳，称中都。这个都城的设立没有战略意义，跟项羽那种“富贵不还乡，如锦衣夜行”的观念是一样的，后面因为劳民伤财，朱元璋叫停了中都的宫殿建设。
随着北方的安定，明朝逐步走上正轨，朱元璋再次动起了迁都的念头，开封、洛阳、西安先后入选。
洪武二十四年（1391年），朱元璋派太子朱标巡视关中，考察西安是否适合作为都城。但是朱标返回南京后不久即患病，次年病逝，时年38岁。
朱标的离世打乱了朱元璋对身后事的安排，这位六十多岁的老皇帝不得不重新选定、培养继承人，以稳固国本，迁都这种事，只能往后压了。
自始至终，合肥都是不曾出现过的选项，原因很简单，合肥的条件根本不适合当一个大一统王朝的首都，连南京都有种种问题，合肥可以直接靠边站，朱元璋再怎么纠结，也只是在中原、关中和江南（其实就是南京）三处地方，凤阳纯粹是因为老家。
之所以在明初朱元璋要定都南京，有四个因素。
一，政治因素。
我们都知道南京别名金陵，号称六朝古都，十朝都会，也就是历史上在南京建都的王朝很多。
它还有“江南佳丽地，金陵帝王州”之美誉，可以看出这是帝王建都的不二之选。
最早是东吴，当时孙权听取诸葛亮的建议，迁都建业，也就是今天南京。
后来东晋，南朝的宋齐梁陈，五代的南唐。
尤其是东晋南北朝时期，南京就是当时全国最大城市，富庶繁华，有100多万人口。
所以，朱元璋选择南京建都是有历史渊源的。
二，战略要道。
南京的地理位置十分险要，有“龙盘虎踞”之势，扼南北之要冲，通东西之便利。
南京城三面环山，背靠长江，可谓进可攻、退可守。
东吴就凭借长江天堑，阻隔北方曹魏进攻。南京港是中国最大的内河港口，所以漕运十分便捷。
由此看出，南京的战略地位的重要性
三，经济地位。
南京是江南的一大都会，古称江宁府。
江南自古都是鱼米之乡，是北方的粮食和资源中心。周边的苏州府、扬州府、嘉兴府、松江府、绍兴府和杭州府等都是天下有名的有地方。
这就保证了在南京建都后，不会有供应方面的问题
四，人才中心。 江南物华天宝，人杰地灵。 特别自宋代以来，中国的政治中心南迁后，江南是全国人才资源中心。
另外南京有个江南贡院，是南方最大的科举考场。
明清两朝的进士，江南可以说贡献了百分之六十以上。
综上所述，鉴于以上因素，都是合肥不具备的。
所以明太祖定都南京，是有深谋远虑的
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