明朝初期定都南京是当时的形势所然，元朝末年政治腐败民不聊生。白莲教韩山童刘福通借元朝政府整修黄河之际，发出“莫道石人一只眼，此物一出天下反”的口号开启了元末农民起义的序幕。朱元璋也在家乡参加了红巾军起义，从一个小兵开始干起逐步有了自己的队伍。朱元璋自称淮右布衣手下多是淮河流域的人，势力范围刚开始也在淮泗之间。公元1356年朱元璋攻克元朝集庆路改名应天府就是后来的南京，南京是六朝故都南方的政治经济中心。历来割据南方的政权无不选择南京作为政治中心。朱元璋以南京为首都逐步打败了南方的张士诚陈友谅等军阀，1368年在南京登基称帝建立了明朝。当时由于文臣武将大多是淮西人，很多人主张在濠州建都。最后朱元璋综合考虑各方意见以后还是选择南京作为都城，主要是考虑到南京地区经济发达富庶建都南京可以加强对这一地区的控制。
但是历史上大一统的王朝没有建都南方的，在明军北伐攻占大都统一北方之后。朱元璋还是考虑迁都到北方去，1391年在北方形势彻底稳定之后朱元璋派出自己的太子朱标考查关中和中原情况。朱元璋和朱标确定了北方的三个城市作为候选，第一个是北宋故都开封第二个是洛阳第三个是西安。朱标详细考查了三个城市之后发现北方经过多年的天灾和战乱，自然环境恶化和人口萧条赖以生存的运河也淤塞不同。自唐朝以来中国的经济中心逐渐南移，北方都城全赖南方漕运适合的地方只有燕王的封地北平。朱标考查归来不久病故，朱元璋老来丧子悲痛欲绝，再也没有精力来策动迁都北方的事。1398年朱元璋病逝葬在南京城外明孝陵，建文帝朱允炆继位仍然以南京为国都。
后来燕王朱棣发动靖难之役夺得皇位以后也依然以南京为都，后来考虑为了巩固北方的统治和应对北元政权的威胁在永乐十八年明成祖朱棣迁都北京。以南京为留都保留中央政府的六部等各个部门。朱棣的儿子明仁宗朱高炽时期一度打算还都南京，但是明仁宗继位不到一年就驾崩了。继位的明宣宗暂缓了还都的计划，到他儿子明英宗朱祁镇时候正式定都北京为京师。此后直到清朝入关民国建立北京一直作为国都而存在。纵观明朝初年定都南京还是当时的政治经济形势所决定的，是明太祖朱元璋进行综合慎重考虑后的结果。
明朝建国初期，之所以定都南京:
1，明朝崛起于南方，明朝统一中原是由南向北，由东向西，完成的统一。所以洪武帝会选择定都南方。纵观当时的南方，只有南京和杭州较为合适，而洪武帝定都时，杭州并没有被他控制，所以洪武帝只能选择定都南京。
2，华夏经济重心自商周时期开始，就逐渐南移。到了隋唐时期，华夏经济重心彻底南移了。明朝定都南京将使大明的政治中心与经济重心重合，这对大明的稳定和发展极为有利。
明成祖是政变上台的，所以才将都城北迁至北京:
1，迁都北京，可以避过朱允文的支持者和洪武帝的老班底，确保明成祖的江山稳固。
2，元世祖忽必烈留下了京杭运河这个世界级遗产，使得北方的政治中心与南方的经济重心的时空距离，被大幅压缩了。这也就为明成祖将首都从南京迁往北京创造了条件。也是后来的清朝选择定都北京的原因。
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