印度的军队具体是由印度国防部直接管理，毕竟供应保障都是由国防部负责划拨的，人员调配也是国防部负责。印度国防部也就是印度的军政管理机构。国防部长是内阁成员由总理提名，必须是印度国会人民院（下议院）议员，文官。总理是印度中央政府——部长会议的主席。从这其实也就可以理解总理与军队的关系。
印度军队的具体作战和指挥是由陆海空军的兵种司令部负责，兵种司令部的首长为各兵种的参谋长，他们也都是由内阁任命。在印度国防部内设有参谋长委员会，其负责人为由内阁任命的国防参谋长，这也是印度军方最高职位。从这其实就可以看出内阁总理对于军方的领导。
综上所述，印度的国防系统，可以说基本大多有总理和内阁统辖。
印度军方在平时并没有统一的作战指挥机构，由内阁总理通过秘书处协调国防部对三军实施统一领导，战时则由总理授权主要兵种和总参谋长具体负责实施统一指挥。在遇到突发情况下，会召开国家安全委员会。这一咨询机构，为政府制定国家安全战略和军事战略提供参考意见，为具体事务提供咨询。这个机构分为“战略策略小组”、“国家安全顾问委员会”、“秘书处”。这其中最为核心的就是“战略决策小组”。其由国家安全顾问(NSA)，副国家安全顾问(Dy.NSA)，印度政府的国防部长、外交部长、内政部长、财政部长，以及NITI Aayog的副主席都是国家安全委员会的成员，除此之外还包括三军参谋长和总参谋长，不过他们的话语权很弱。印度的外交与国防战略的决定权在总理手中。
印度在以前深受英国殖民统治影响，其武装力量完全继承了英属殖民地军队，其机构和运行模式受英国影响很大，文官掌管兵权，军方不涉及政治。在90年代中期以前一直都是国大党执掌政权，议会对于政府牵制十分有限，单一政党霸政使得其政府在安全决策机制上存在明显短板。导致其在应对突发事件时，信息不通畅，决策缺乏科学性。国家安全委员会到90年瓦杰帕伊上台后才建立，到现在具体运行仍然是总理一言堂。
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