看了些解答，人心难测，人性贪婪！
当然题主问题没有涉及细节描述，不好深入探讨，如果只从问题表面分析，真不知道有什么风险的。
首先：题主是个穷B，还可能是个懒惰的穷B，
理由：村里人都建起了新房，就他没钱修不起，如果不是因为身体状况，或者家里小孩特别多，那村里其他村民都能修得起房子，就他修不起，就算再笨只要勤劳都很难保留独一份的穷，所以大概率题主不是懒鬼就是赌鬼。
我们再来讨论分析：
第一：题主确实因为身体健康或者家庭其他情况而贫；
农村宅基地是自己的，有人帮他修五层楼的房子，而且一二楼直接就是自己的了，三四五楼五年后就归还，又不是偷偷摸摸修，村长或者村里其他长辈拉一起签个合同，这不是什么大事。
退一步讲如果自己房子老旧了，自己出地，别人出钱帮你把房子修好，另外三层送别人都可以接受，当然这需要具体看老房子实际情况，如果老房子本身全部砖瓦房，不存在任何危险，够大住着也舒服，那没必要重修，但是如果老房子本身就住着不舒服了，或者小了住不下了，人家出全资帮你修房子，就算只给你两层都要感谢人家大好人！更何况人家只要你五年使用权，能有什么风险的？就算他五年内拿那三层楼赚了很多个小目标，那你也要感谢他！当神一样地感谢，因为五年后你也许可以拿那三层楼改善你的家庭条件！
小结：如果因为身体健康或者家庭情况原因，不管任何状况，不用犹豫必须拿出你的诚意跟着他干！
当然如果你觉得你未来会良心发现改邪归正，那还有什么风险可以需要去考虑的，还要等到你把老房子都输掉么？必须同意，而且一定要感恩人家的善心，如有必要未来做牛做马帮人打扫卫生啥的。
毕竟人在混蛋糊涂的时候有人愿意花钱拉你一把，真的是大恩人。
五年以后你的恩人就送你一套五层楼，感动得哭吧！
当然如果你确实是一个被诅咒了九世不能翻身之能为懒鬼赌鬼穷鬼，那更没有理由拒绝，五年以后你就把上面四层都卖掉，还可以大大延续你的醉生梦死人生。当然有人不介意住你楼上风水不好的话！
总结：除了自己有钱不需要人帮忙以外，根本没有理由拒绝有人出钱给你修新房！最大风险无非未来楼上三层不给你，那你也白得新两层楼，更何况能提出这个方案的人，不会去害你，毕竟农村宅基地是有其特殊性的，毫无风险。
不要觉得人家可能用上面三层楼赚到钱就觉得自己亏了，不要活得那么贪婪！多带点感恩的态度对待善意。
最好提示：如果那人平时口碑就是有贩毒之类的记录，那你就还是拒绝吧，犯法的事咱们多大利益都不要参与。
本人干过宅基地确权以及测绘和不动产登记相关工作，并结合我曾经部分工作实践来给您分析，是否可以这样做供您参考。
首先说你的这种模式可以认为是合作建房，出资一方以出资名义来获得对等其利益需求5年的部分房产使用权。
您别不爱听，在农村有些操作其实是不规范的，不比如自己建设的房屋出租给工厂方去使用，从房屋类型到产权以及使用形式这三个大方面是容易存在风险的。
您是自建房，但因为约定出资人出资建设，获得二楼以上三层五年的使用权，所以在建设房屋过程中，至少三楼以上规划应该是满足其工厂生产办公使用的需求，您要先考虑好假如到期以后如果不能继续出租需要改造自住时，您能不能接受这个后果，这是从使用形式角度说。
另外一方面，因为您是农村的宅基地，现在的宅基地确权讲究的登记方式是房地以体化，所以办的产权证必须是您名下，且房地必须一体合并确权，不管你们之间有什么约定，这个房地所有产权都只能针对您来说。
其次，既然对方出资目的是用于工厂生产或者办公，按理说其本质就不该租用民房，至少地块产权应该是工业或者商业用地，办公场所也应该是商业类产权楼，在集体土地上的宅基地上无论是生产还是办公都有其不太合理合法的因素存在。
再者因为是工厂生产办公占用您的三楼以上，从水电使用上来说也不是民水民电，您应该还需要配合对方提供产权资料去办水办电这块，虽然这里不能明确说有什么影响，是否能办成也需要看当地政策，再具体说到核心的工厂需要的工商手续，仔细一想并不是那么简单的事。
第三不知道您考虑过一个很简单的问题不？对方出资建设五层楼但只使用二层楼以上五年，您就平衡一下当地租用同等规模的租金和房屋五层建设的费用关系，要是使用二层以上五年比建设房屋五层成本小倒还好说，大了就明显需要慎重了，尤其是比租用同等规模的工业用地包工场所还贵就更要慎重。
年前曾协助朋友的测绘公司干点当地拆违测绘的活，因为好多工厂属于违建，拆除后就面临一个重新选址的问题，按周围的情况看，能租用的民房或者简单整合后合理合规休整使用的民房也不少，但很多工厂老板却没有这样做，而是跟其他非违建工厂协调了部分办公场所来使用。
当时面临的情况就是，拆违后迅速导致当地有空间的工业办公生产场所租金大涨，而民房即使具备初步的生产条件，但在各种产权证件等方面不足也易存在违规，所以只能在成本最小的情况下协调其他人的工业场所来使用。
所以我猜测，出资人出于工厂存续的需要，费力气的给您盖房子只获得二楼以上五年使用权，可能是不太合规的工厂，通过占用民房省去了很多中间环节。其次可能是出资给您建房也比租用正规厂房便宜很多，再有就可能是当地房租水平实在太高尤其是正规厂房，给您一种占了便宜的感觉来通过民房来压缩成本，至于后续的手续上也可能跟着打折扣操作了。
还有二点特别提醒，房子人家完全出资，如果合同细节不完善，五年后发生纠纷了怎么办，这块咨询好法律以及当地的房管和土地部门。
第二点就是咨询好当地国土部门，能否规划上允许您建设五层房屋，如果根本不允许建了就属于违建，这才是最麻烦的。
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