感谢题主的问题，我想对问题作出以下解答，如有不恰之处，请给予修改。
公元1644年，以李自成为首的农民起义军攻进了大明王朝的首都顺天府。崇祯皇帝朱由检因不忍背离祖宗基业与心中的政治理想于煤山自缢身亡，结束了自己的生命同时也结束了历史上最后一个由汉人建立的封建王朝。那么是什么原因导致崇祯不能与农民起义军建立良好的政治关系呢？
首先我们看一下农民为什么起义？
总览中国历史我们能否知道什么人最是温纯？什么人最是能忍人所不能忍？又是什么人最是能做不能做之事？没错，这种人就是农民。当政者只要给他们一口饭吃，一口气喘，一块地耕。他们就可以舒舒服服，贴贴心心的过上一辈子，不去想那些是是非非，不会受那些妖人的蛊惑，因为他们的生活还有希望。可没有这个“只要”呢？他们是会疯的。明中后期的农民就是这种情况，在电视剧《大明王朝》中，嘉靖皇帝为了改稻种桑，严嵩父子下令以毁堤淹田的方式兼并土地，大水冲没了农民的土地。还好，他们还有一些积蓄可以足够用来买一块小田或者为员外帮工继续生活下去。但是坏事一来就会成双成对的到来，不说边关后金的挑衅，大明王朝或多或少的加重赋税。只说原先还手握土地能够勉强担负起赋税的他们，现在手中一无所有怎能担负起那承重的民役赋税。从“二八规律”上来看，占80%的农民要承担大部分的税负也就是人头税。虽然张居正的改革在一定程度上改善了这一环境，可也很快被保守派推翻。因此他们失去了赖以生存的土地，失去了活下去的希望所以他们要去拼搏，要去和那些官老爷富员外讲一讲他们农民的道理。因此崇祯与农民起义军的矛盾是根本的土地矛盾，是不能够调和的。毕竟崇祯代表的是大封建地主阶级的利益，而农民起义军代表的是广大农民的利益。
其次我们猜测一下崇祯皇帝的想法。
相对于崇祯来说，李自成为首的农民起义军打着的是颠覆大明王朝的政治目标“开城门，迎闯王，闯王来时，不纳粮”，他们不像是宋江打着的是“替天行道”的旗号。所以崇祯不可能对他们进行诏安的，如果诏安那就代表着大明王朝延续百年的政治就是错误的，而李自成他们是正确的。甚至皇帝的威严会被一扫而光，下次，下下次李自成或者多个李自成都会应运而生。此外“攘外必先安内”的军事政治远景也有一定的影响，外部后金的动乱在当时的大明王朝来说只是边疆问题，坏的是大明王朝的叶子，只要整肃边军，改革军备，解决只是时间问题，而内部的农民起义就不一样，他们坏的是大明王朝的根，他们想取而代之，更变皇帝。因此双方对比下来以李自成为首的农民起义军的危害更大。
让大壮来解答吧！
早期对后金形势不那么紧张之时，崇祯对李自成张献忠等人是恨之入骨，因为他们杀害了多位明朝王爷，李自成还挖了明祖陵，断了明朝的龙脉，被撅了祖坟，崇祯恨不得将李自成、张献忠千刀万剐，哪里还想联合他们抗金。再加上李自成、张献忠多次反复，形势不利时假投降，一旦明朝放松警惕即刻复举，个人信誉太差，崇祯也没法相信他们不是？！
再后来形势突变，后金占据优势之时，面对危局，崇祯自己不是没想过联合这招呀！
当年李自成兵临北京城下，曾经秘密派人给崇祯送信，提出议和条件。据记载，闯王提出:“闯人马强众，议割西北一带分国王并犒赏军百万，退守河南……闯既受封，愿为朝廷内遏群寇，尤能以劲兵助剿辽藩。但不奉诏与觐耳！”
说白了，就是你崇祯皇帝封我当“西北王”，把西北割让给我管辖，再给我的部队犒赏百万银两，我就答应退守河南。作为交换，我愿意为朝廷出力，替你剿灭其他的反贼，如张献忠之流，还可以出兵干后金。但是呢，你别想召见我进北京！
咋样，这条件够赤裸裸了吧！可惜呀，崇祯皇帝死要面子活受罪，拉不下这个脸，想拉着大臣首先表态，自己再默许，这样，一旦事情有变，自己可以全然而退，又正好有替罪羊，不枉自己树立的为国家努力奋战，势不与贼寇妥协的形象！
可惜呀，群臣这个时候都已经看清了形势，看透了崇祯皇帝的为人，谁也不愿意接锅。要知道，当年兵部尚书陈新甲在得到崇祯暗地许可后，与后金秘密议和多年，却因家奴不甚走漏风声，被满朝诘问，此时，崇祯非但没有站出来表态，却将陈新甲斩首，以堵众人之口，从此，朝廷再无一人敢于提议和。而当年袁崇焕被杀，通敌议和也是罪名之一，但实际上，袁崇焕与皇太极之间的秘密议和，是得到崇祯默许的！此时的大臣，都选择了明哲保身，再也不愿意重蹈覆辙了！见此，崇祯只好作罢，一句“另其召”敷衍李自成！
就这样，先是刻骨的仇恨，不靠谱的议和对象，加上没有背锅侠背锅，死要面子活受罪，我们的崇祯皇帝只能国破身死！
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