这问题浅显得让人有些无语。但凡看书仔细一点，都不用问的。
1.三体文明要把地球作为新家园，自然是要千方百计地维护地球的完好，干吗要毁灭地球？
三体星系有三颗恒星、一颗行星。三颗恒星组成的“三体”系统在数学上是不可解的，也就是三体人无法预测他们头顶三个太阳的行踪，所以不但无法进行有规律的生息运作，而且一次又一次地被忽远忽近的三个太阳带入灭绝深渊。在弄明白三体星系仅剩一颗行星正是因为之前的行星都被行踪飘忽的太阳吞噬了之后，三体人知道留在三体星系等着摸清恒星运行规律是不可能的事了，留在这里只能是死路一条，唯一的出路是逃离母星，到宇宙其他地方去寻找新家园落户。
机缘巧合之下，三体人知道了太阳系和地球的存在。这对于三体人来说就是上帝的恩赐，地球是最完美的新家园了。唯一要做的就是灭掉地球上目前的霸主人类，取而代之即可。所以，三体人不但没有毁灭地球的动机，相反，还要千方百计保护地球的完好，以便将来住得舒服。
2.在三体决定占领地球的时候，三体人的技术还不足以支撑其对地球这样一个星体进行远程操控的“毁灭”。
不仅从动机来看三体人不可能毁灭地球，从技术手段来看这也是做不到的事——至少在三体人派出智子的时候，是做不到远程操控毁灭地球的。那个时候，三体人还没有研制出水滴这个利器。
三体人在发现并决定占领地球之后，除了第一时间派出远征舰队，另外做的一件大事就是举三体全球之力研究出一种秒杀地球技术的“黑科技”，也就是智子。智子并不是题主简单说的“质子”，虽然它由质子改造而来，但却是带上了人工智能的智子，实际上就是通过在质子表面蚀刻复杂电路，将质子变成一个微观粒子大小的智能计算机。这种技术在当时的三体也是至为先进的，用到了微观层面的升维和降维技术，三体人也是经过数次失败的试验之后才成功造出几枚智子。
那已经是当时三体人的技术极限了。这样的智子可以虽然可以跨越空间障碍，长驱直入太阳系和地球进行“潜伏”，但毕竟个头太小，几颗微观粒子而已，不可能进行大规模撞击、爆炸等物理层面的破坏。所以，那个时候的三体人就算有想要毁灭地球的理由，在技术上也无法实现。
3.三体派出智子封锁地球的科技发展，为的是避免地球在三体远征军到达之前实现技术爆炸，反超三体，阻碍三体的入侵计划。
既然不能从物理层面破坏地球，而且三体人也正需要保护地球的完好，那为什么还要派出智子到地球呢？目的在于阻挠地球的科技发展，为三体舰队未来的胜利扫清障碍。
太阳系和三体星系之间相隔4.2光年，以当时的三体第一舰队的航行速度推算，舰队大约需要400年才能到达地球。而地球历史表明，地球文明有一种“技术爆炸”的特性，也就是并非匀速发展，会在某个阶段因为某种缘故来个突然加速，青铜一下变王者。技术爆炸是“黑暗森林法则”得以成立的条件之一，因为这种现象会使落后者反超先进者，从而逆转双方的输赢趋势。所以，为防从主动变为被动，从胜利者变为失败者，技术比较强的一方在发现了其他文明的痕迹之后，都会第一时间选择消灭对方，不给对方任何通过技术爆炸反超的机会——除非没能力第一时间消灭。
三体人的技术远胜地球人没错，但是三体文明发展史上从未有过技术爆炸这回事，一直都是匀速发展，这对比具备技术爆炸基因的地球文明来说绝对是劣势——只要时间足够，暂时落后的地球文明就可能通过加速前进而反超三体。三体人的目标虽然不是毁灭地球，但也绝不能让地球人超过自己，否则消灭地球人、占领地球的计划就实现不了了。而三体舰队需要漫长的400年才能到达地球，根据地球以往的历史，这么长的时间里，地球文明很大可能会因为技术爆炸而反超三体文明。到时千里迢迢赶至地球的三体舰队就不是去开拓新家园，而是去送死了。
所以三体文明在派出舰队的同时也派出了智子，智子的作用就是“锁死”地球科技，让地球在这400年里不可能再有新的科学发展，断绝地球反超三体的可能。具体原理看书就行了，简单地说就是让智子混进地球各处的高速粒子加速器，利用智子是一台微观电脑的特点，“人工智能”地扰乱人类用粒子加速器做的各种实验的数据。既然实验数据是紊乱、错误、无规律的，实验就不会有任何有意义的结果，也就得不到任何新的认识。
书中的隐藏设定是，对微观粒子世界的认识，是一切科学认识的基础。既然人类无法获得任何微观世界的真实信息，人类的科学也就停滞不前了。
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