曹操和司马懿都是权臣，一个架空了汉献帝，一个把魏帝曹芳当做傀儡。
二人对待皇帝的态度看似差不多，但仔细分析，就可看出二人行事还是有大不同的，这也就是历史上对司马懿的评价更低的原因。
曹操对待汉献帝
汉献帝刘协是董卓毒杀少帝后拥立为帝的。董卓被吕布和王允杀死后，又遭到董卓部将李傕和郭汜挟持。在李、郭二人因争权，互相攻伐时，在杨奉和董承护送下逃出长安，下旨各路诸侯勤王，一路辗转东行，只有曹操起兵接应。
建安元年（公元196年），曹操迎汉献帝。汉献帝封曹操为司隶校尉，录尚书事。而后，迁都许昌，汉献帝又加封曹操为司空，行车骑将军事，下旨文武百官听令与曹操。至此，曹操得以“挟天子，以令诸侯”。
值得注意的是，曹操并不是汉献帝第一个权臣，汉献帝自从当上皇帝后，一直都是别人的傀儡，先是董卓、董卓死后，没尝几天真正皇帝滋味，又被李傕和郭汜二人控制。后不容易，等到二人内斗，趁机逃了出来，除了曹操也没有其他诸侯待见，可以说曹操迎献帝间接是救了献帝一命，要不在当时兵荒马乱的时期，还不知会有什么后果。（比如：让野心很大，又不考虑后果的袁术遇到，说不定直接就玩完了）
再后来，曹操南征北战，献帝在朝堂上也培植了一批亲信，间接掌握了少许的权势，不甘心曹操专权，私下传出“衣带诏”试图除曹，重新确立皇权，虽然失败了。但曹操并没有废掉他的皇帝位，只是除掉了他的亲信，然后把自己的女儿嫁给他当了皇后。
由此可见，在曹操当权时，献帝还是有很大的活动自由和政治空间的，最起码比在董卓时期强很多，在那时献帝是没有丝毫机会、也不敢有除掉权臣这样的想法的。
经过这次失败的行动，献帝也认清了现实，在朝堂上少数心向皇汉的大臣（荀或等）的维持下，二人客客气气，没有再发生什么直接的冲突，直到曹操死后。公元220年，在曹丕的逼迫下禅位，降为山阳公，允许其在封地奉汉正朔和服色，建汉宗庙以奉汉祀。
公元234年4月21日，刘协做了14年的富家翁寿终正寝，魏明帝曹叡率群臣亲自哭祭。并以汉天子礼仪葬于禅陵，谥号为孝献皇帝。
总起来说，曹氏虽然篡夺了汉室江山，又有逼迫献帝禅位的恶举，但说实话，在此之前，献帝一直就是傀儡，魏国的疆土都是曹氏父子辛辛苦苦打下来的，献帝除了是名义上的正朔，没有丝毫的功绩，能在曹魏政权中当了24年皇帝，享乐38年，也算是不错了。
司马懿对曹氏皇族
从曹操起，曹丕、曹叡三代当政者，无论能力还是威望都能压制司马懿。到了曹明帝病死之后，曹氏皇族接任者能力平庸、处事跋扈，得罪了朝中很多士族大家，才给了司马懿机会，让他一举掌控朝堂。
魏明帝临死前拉着司马懿的手，目视太子齐王，说：“吾疾甚，以后事属君，君其与爽辅少子。吾得见君，无所恨。”曹爽掌权之后，收揽了一帮哗众取宠之士，开始大肆排挤以司马懿为首的一帮有能力的功勋老臣，并把郭太后软禁，惹得朝堂内外怨声载道。
公元249年正月，魏帝曹芳与大将军曹爽一同拜祭明帝高平陵，司马懿借机发动政变，诛杀了曹爽三族，以及心向曹魏的大臣5000余人，从此可是掌握朝中大权。
司空的王凌心向曹氏，与楚王曹彪密谋起兵伐司马氏，可惜失败被擒。司马懿夷其三族，杀楚王并借机把魏之宗族王公全部拘捕，囚禁在邺城，命有司监察，不准他们互相往来，也不许大臣与之结交。
公元254年，曹芳不满司马氏的欺压，暗中联络大将夏侯玄密谋发动政变，可惜，计划泄露，夏侯玄被诛，皇帝曹芳被废。
公元260年，皇帝曹髦常忧虑被废受辱，打算先发制人，可惜失败，被司马昭手下，贾充和成济刺杀，由此，“司马昭之心，路人皆知”。
司马氏篡夺曹魏政权，可不是曹氏得汉献帝禅位，二者不可同日而语。曹魏天下是自己辛辛苦苦打下来的，司马氏完全就是侵夺曹魏的胜利果实，然而在掌控大权之后，大肆屠戮魏氏宗族，并行弑帝之举，这肆无忌惮地嘴脸就太难看了，史书绝对不会给其好的评价的。
篡权，是个含有贬义的词。是古代正统观念的产物。我个人认为，古代凡是篡权成功的，都是原来的政权已腐败或衰弱，有了被篡权的条件。而篡权者都是相对的强者，具有了篡权的条件。因此，篡权不是什么丑事。司马懿篡魏与曹操篡汉，没有什么本质上的不同，也没有对错之分。
但历史对曹操的评价，一般说，是比司马懿要高一些的。这是为什么呢？
一，因为曹操的历史功绩高于司马懿。关于曹操的平生事迹，人们基本都已知道，故这里从略。
二，曹操所取代的汉王朝，已历四百年，按历代王朝发展的周期率，基本上已该寿终正寝。所以曹操的代汉，比较容易为人接受，理解。而曹魏政权才传四代，几十年，还没有彻底腐败，还没有多少作恶而为人民所憎恶，反对。所以司马懿的篡魏，相对而言，不大容易让人接受，理解。
三，西晋的腐败和导致的五胡乱华的历史灾难，也影响了后人对司马懿的评价。
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